La réduction du couvert de mangroves en Indonésie est principalement attribuable à l'établissement d'étangs à crevettes et à l'exploitation forestière. Sur le plan commercial elles sont utilisées pour la production de charbon de bois et par des concessions forestières qui exploitent de vastes étendues.
Compte tenu de l'importance que revêtent les mangroves pour la pêche, la foresterie, la protection des côtes et la faune sauvage, un certain nombre de zones protégées et de ceintures de mangrove ont été aménagées et font l'objet de reforestation.